Seit 1934 unterrichten Jesuiten am Kolleg St. Blasien. Auch das Internat (zuerst nur für Jungen) öffnete Ostern 1934 seine Pforten im ehemaligen Benediktinerkloster im südlichen Schwarzwald. Die Geschichte des Kollegs aber beginnt im schweizerischen Fribourg, wo Petrus Canisius 1596 das St. Michaelskolleg gründete, das nach einer bewegten Geschichte und dem Umzug ins österreichische Feldkirch heute in St. Blasien weiterlebt. Ausgerechnet die Nationalsozialistische Herrschaft bedrohte (u. a. durch ihre Devisen-Gesetze) den Bestand der deutschen Auslandsschule in Österreich und zwang diese nach Deutschland umzusiedeln. Der Reichstagsabgeordnete Dr. Albert Hackelsberger aus Öflingen/Baden hat sich sehr mutig für den Einzug des Kollegs in das leer stehende Kloster eingesetzt. Er musste seine kirchenpolitische Tätigkeit, seinen Widerstand gegen das Regime und seinen Einsatz für das Kolleg St. Blasien 1940 im Untersuchungsgefängnis Freiburg mit dem Tode büßen. Schon im März 1939 wurde das Kolleg von den nationalsozialistischen Machthabern wieder geschlossen, "da die Voraussetzungen, unter denen die Genehmigung erteilt wurde, nicht mehr als gegeben anzusehen sind". So einfach war das. Die Gebäude wurden als Reservelazarett an die Wehrmacht vermietet.
Am 1. Mai 1946 haben die Jesuiten unter schwierigsten Bedingungen wieder neu mit ihrer pädagogischen Arbeit angefangen.
1977 bedrohte eine große Brandkatastrophe erneut die Existenz des Kollegs. Außerordentliches Engagement vieler am Kolleg Interessierter ermöglichten den Wiederaufbau; es brachte auch ganz neue Impulse in Schule und Internat.
So wurde z.B. 1989 neben dem Jungeninternat ein Mädcheninternat eröffnet. Am Anfang durchaus mit kritischen Blicken betrachtet, ist es inzwischen Normalität geworden. Mit ca. 200 Jungen und ca. 130 Mädchen ist das Internat in seiner Entwicklung stabil, trotz einer schwierigen Entwicklung in der europäischen Internatslandschaft. Das Interesse am Jesuiten-Kolleg in St. Blasien bleibt bestehen. Das Kolleg vermag mit seinem Programm der "jesuitischen Erziehung" in der heutigen Bildungsarbeit und Schullandschaft eigene spezifische Akzente zu setzen.
Die Jesuitenkommunität vor Ort besteht aus 10 Mitgliedern, die gemeinsam auf dem Kollegsgelände im Alois-Grimm-Haus (altes Forsthaus) leben. Fast alle haben in unterschiedlicher Weise mit dem Kolleg zu tun, die Jüngeren voll eingespannt in das Kollegsleben, die älteren sind noch aktiv im handwerklichen Bereich, im Archiv und mit Nachhilfeunterricht oder verbringen hier einfach ihren Ruhestand. Außerdem stellt der Orden den Pfarrer (Cooperator) des Domes, Pater Singer SJ und Pater Bauer SJ.